Своё название этот московский район получил от села Останкина. Первое его упоминание в сохранившихся источниках содержится в одной из межевых книг 1558 г. соседнего села Ростокина. В писцовых книгах XVI в. названо как сельцо Осташково на суходоле, находившееся в Манатьином, Быкове и Коровине стану Московского уезда и значившееся в 1584 г. вотчиной «за Васильем Яковлевым Щелкаловым, что было преж сего поместье за немчином за Орном». Василий Яковлевич Щелкалов был одним из выдающихся деятелей рубежа XVI—XVII вв. Он участвовал во многих дипломатических переговорах, с 1579 по 1594 г. служил думным дьяком, занимал должность печатника, т. е. хранителя государственной печати и заведующего личной царской канцелярией. В 1594 г. он сменил своего старшего брата Андрея в Посольском приказе, а через 10 лет дослужился до чина окольничего. После смерти Василия Яковлевича в 1610 г. сельцом владел его сын Иван.
В Смутное время Осташково было разорено, а Троицкая церковь сожжена.
В 1617 г. это имение досталось боярину князю Ивану Борисовичу Черкасскому, который приступает к его обустройству. Писцовая книга 1624 г. застаёт здесь боярский двор и другой двор, в котором жили деловые люди. К селу «тянула» слободка Бояркина, Марьина тож, на речке Копытенке (в 1584 г. была пустошью), в которой на оброке значились 63 бобыльских двора, «под той слободкой мельница в одно колесо». В селе же упомянут пруд.